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Centre / INRS–Institut Armand-Frappier (santé)

Programme

DOCTORAT EN BIOLOGIE3805

Ce programme est offert conjointement par le Centre – INRS–Institut Armand-Frappier et l'Université du Québec à Montréal

Responsables

Claude Guertin, professeur-chercheur au Centre – INRS–Institut Armand-Frappier

Grade

Philosophiae doctor, Ph.D.

Objectifs

Ce programme vise à former des chercheurs en sciences biologiques, par le développement de connaissances disciplinaires approfondies, ainsi que d'une capacité analytique et d'un esprit de synthèse. Les étudiants apprendront à participer à des équipes pluridisciplinaires orientées vers la solution de problèmes. Leur formation sera complétée par des notions de gestion de personnel et de budgets ainsi que des éléments de pédagogie.

DOCTORAT EN BIOLOGIE (3805)

Conditions d'admission

Le candidat doit être titulaire d'une maîtrise ou d'un grade équivalent en biologie ou dans une discipline connexe, obtenue avec une moyenne cumulative d'au moins 3,2 sur 4,3 ou l'équivalent.

Le candidat doit avoir reçu l'approbation du comité de programme quant à son sujet de recherche et son directeur de recherche, ainsi que l'accord de ce dernier. Le candidat doit avoir une connaissance suffisante du français et de l'anglais.

Un candidat qui ne détient pas le grade de maître ou l'équivalent peut être admis, s'il détient le grade de bachelier et si le comité de programme juge qu'il possède les connaissances requises et la formule appropriée.

Un candidat inscrit à un programme de maîtrise sous la direction d'un professeur habilité à diriger des étudiants au sein du présent programme de doctorat en biologie peut y être admis sans avoir complété son programme de maîtrise aux conditions suivantes:

- s'il a terminé la scolarité de son programme de maîtrise;
- s'il a obtenu une moyenne cumulative d'au moins 3,5 au deuxième cycle;
- s'il a obtenu l'accord de son directeur de recherche de maîtrise pour diriger la recherche de son doctorat;
- s'il a fait approuver, par le directeur de programme de doctorat, son sujet de recherche qui doit avoir une continuité avec ses travaux de maîtrise;
- s'il a obtenu une recommandation favorable du comité de programme au terme de la procédure d'admission au doctorat sans avoir complété la maîtrise.

Liste des activités

Scolarité

Les trois activités suivantes (cinq crédits) :

  • ADMxxx2Atelier de formation en gestion (hors programme) (1 cr.)
    • Cet atelier d'une durée de trois jours est destiné à initier les candidats à la gestion du personnel et de budgets.
  • BIO9020Séminaire (3 cr.)
    • Le séminaire permet à l'étudiant de présenter devant un public d'étudiants, de professeurs et de chercheurs en sciences biologiques, les résultats de l'ensemble de son travail de recherche. Pour ce faire, l'étudiant est amené à utiliser les méthodes de préparation et de présentation d'un exposé sur les résultats de recherche en sciences biologiques. Une attention particulière est apportée à la préparation et à l'utilisation des illustrations ainsi qu'à la prestation. La présentation de ce séminaire devra être faite durant le 9ème trimestre après l'inscription initiale de l'étudiant.
  • EDU9001Initiation à l’enseignement post- secondaire (1cr.)
    • Cet atelier d'une durée de trois jours portera sur la formation à l'enseignement et initiera donc les candidats aux principes de base en pédagogie.

Recherche

Les trois activités suivantes (quatre-vingt-cinq crédits):

  • BIO9000Projet de thèse (3 cr.)
    • Cette activité permet à l'étudiant de définir et de limiter de façon concrète et opérationnelle son projet de thèse. Le projet de thèse doit être conforme aux objectifs du programme et se situer dans le cadre des champs de spécialisation du programme. Il doit comporter un énoncé de la problématique, des objectifs, des hypothèses de travail, des méthodes, des résultats attendus de l'échéancier et du budget si nécessaire. Le projet de thèse est présenté par écrit sous forme de demande de subvention, puis débattu en public durant un séminaire du département. Il devra être complété durant le premier trimestre ou au plus tard au deuxième trimestre après l'inscription initiale de l'étudiant.
  • BIO9010Examen de synthèse (6 cr.)
    • L'examen de synthèse a pour but d'évaluer la capacité de synthèse du candidat et de s'assurer qu'il connaît bien la problématique et le contenu scientifique des recherches effectuées dans sa discipline mais aussi dans le pôle de recherche où il évolue. Dans le cadre de cette activité, le candidat approfondit un thème qui ne fait pas directement partie de son sujet de thèse, mais qui peut lui être complémentaire. L'examen de synthèse donne lieu à un rapport écrit qui sera soutenu devant jury au plus tard à la fin du quatrième trimestre.
  • BIO9030Thèse (76 cr.)
    • L'étudiant au doctorat en biologie doit rédiger une thèse qui témoigne d'une aptitude à mener à bien une recherche originale en biologie. La thèse sera soutenue devant jury.

Liste des activités pouvant être exigées en appoint (hors programme) :

  • BIO8092Traitement des données biologiques (3 cr.)
    • Élaboration de modèles d'explication des phénomènes biologiques. Définition d'hypothèses de travail. Techniques de sondage et plans d'expérience en biologie. Choix de tests statistiques et d'estimateurs. Analyses de variance et de covariance. Régression et corrélation. Méthodes de groupement. Analyses en espace réduit. Analyses de séries chronologiques. Ce cours comprend des travaux pratiques impliquant l'utilisation du logiciel SAS.

      Remarque: La matière enseignée dans ce cours présume une connaissance des notions élémentaires en statistiques, donc un cours déjà complété en biométrie ou une introduction aux statistiques pourra être exigé.
  • BIO8190Écologie végétale (3 cr.)
    • Étude des problèmes, hypothèses et théories en écologie végétale aux niveaux des populations et des communautés végétales. Les sujets traités seront choisis en fonction des intérêts de recherche des étudiants participants.
  • BIO8281Chapitres choisis en physiologie animale (3 cr.)
    • Recherches contemporaines en physiologie animale. Régulation adrénergique du métabolisme périphérique tel que l'activité du système nerveux autonome, la pression sanguine et le phénomène d'engraissement. Transport placentaire des diverses substances telles que le calcium, les phosphates et les acides gras et leurs conséquences sur la croissance foetale. Régulation cellulaire du tissu adipeux par l'adénosine, les prostaglandines et les récepteurs adrénergiques. Sécrétion des hormones sexuelles et activité du métabolisme du tissu périphérique. Transport axonal, neurotransmetteurs et métabolisme musculaire. Métabolisme des lipides membranaires et sensibilité tissulaire. Certains sujets traités seront choisis en fonction des intérêts de recherche des étudiants inscrits.
  • BIO8291Immunologie (3 cr.)
    • Revue de la littérature récente en immunologie. Étude des mécanismes cellulaires et moléculaires des réponses immunitaires: naturelle, à médiation humorale et à médiation cellulaire. Examen des facteurs de l'environnement pouvant compromettre l'intégrité du système immunitaire et leurs conséquences biologiques. Ce cours comporte un volet sur les principes et la pratique des techniques immunologiques de pointe couramment utilisées en recherche.
  • BIO8321Aspects moléculaires de la croissance des végétaux (3 cr.)
    • Mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans la régulation de la croissance et du développement des végétaux. Étude approfondie des données récentes sur les bases moléculaires de l'action de différents facteurs physiologiques et hormonaux qui régularisent l'activité métabolique et l'expression génétique des différents processus biologiques. Aspects moléculaires du phénomène d'adaptation à différents agents de stress chez les végétaux tels que le froid, la sécheresse, la chaleur et la salinité. Certains sujets traités seront choisis en fonction des intérêts de recherche des étudiants inscrit.
  • BIO8360Lutte biologique (3 cr.)
    • Historique et bases écologiques de la lutte biologique. Biologie des organismes prédateurs, parasites et pathogènes. Méthodologie: prospection, introduction et acclimatation. Conservation, augmentation et évaluation de l'efficacité des ennemis naturels. Lutte biologique contre les ravageurs des forêts et des cultures, contre les mauvaises herbes, contre les vecteurs d'importance médicale et vétérinaire et contre les mammifères. La lutte biologique en tant que composante de la lutte intégrée.
  • BIO860XSéminaire thématique en écologie (3 cr.)
    • Cours à contenu variable portant sur l'écologie. Ce cours permettra aux étudiants de faire le point sur un aspect particulier du domaine visé.
  • BIO861XSéminaire thématique en physiologie cellulaire (3 cr.)
    • Cours à contenu variable portant sur la physiologie cellulaire. Ce cours permettra aux étudiants de faire le point sur un aspect particulier du domaine visé.
  • BIO862XSéminaire thématique en toxicologie (3 cr.
    • Cours à contenu variable portant sur la toxicologie. Ce cours permettra aux étudiants de faire le point sur un aspect particulier du domaine visé.
  • BIO863XSéminaire thématique en biotechnologie (3 cr.)
    • Cours à contenu variable portant sur la biotechnologie. Ce cours permettra aux étudiants de faire le point sur un aspect particulier du domaine visé.
  • BIO8850Sujets de pointe en écologie (3 cr.)
    • Présentation de concepts écologiques de pointe par des professeurs en écologie; discussion d'articles pertinents aux thèmes choisis.
  • BIO8901Biotechnologies appliquées à l'amélioration des végétaux (3 cr.)
    • Étude des différentes méthodes utilisées en biotechnologie végétale pour l'amélioration des plantes. Fusion de protoplastes pour la formation d'hybrides somatiques, comparaison du croisement sexué avec l'hybridation somatique du point de vue de l'hérédité des gènes nucléaires et cytoplasmiques. Incompatibilité génétique chez les plantes supérieures, techniques de culture in vitro permettant de résoudre ce problème. Production et utilisation de plantes haploïdes, transfert direct d'organites. Transfert d'ADN par: coculture de tissus avec Agrobacterium, microinjection et électroporation. Expression des gènes transférés. Exemples d'applications: fixation de l'azote moléculaire, résistance aux virus, insectes et champignons. Cours intensif sous forme de travaux pratiques.
  • BIO8921Manipulations génétiques (3 cr.)
    • Étude et pratique des diverses techniques utilisées en biologie moléculaire. Purification d'ADN, clonage, sélection de transformants, préparation de plasmides, cartographie de sites de restriction. Analyse de gènes par transfert de Southern, sonde et hybridation moléculaires. Séquençage d'ADN par les méthodes enzymatique et chimique. Cours intensif sous forme de travaux pratiques.
  • BIO8930Chapitres choisis en virologie (3 cr.)
    • Sujets touchant les divers aspects de l'expression génétique des virus animaux et végétaux en fonction des intérêts de recherche des étudiants participants. Les principaux thèmes abordés seront: le rôle des virus comme vecteurs génétiques; la dynamique du génome viral et de son expression phénotypique; la pathogénicité virale et sa modulation par des facteurs environnementaux.
  • BIO8950Chapitres choisis en toxicologie (3 cr.)
    • Sujets de toxicologie s'adressant à des étudiants faisant des recherches dans différents domaines reliés à la toxicologie. Les principaux thèmes abordés seront: actions de toxiques (e.g. pesticides, métaux lourds) sur les organismes terrestres ou aquatiques; développements récents dans les méthodes et techniques analytiques utilisées en toxicologie.
  • BIO8970Chapitres choisis en biologie moléculaire (3 cr.)
    • Différents thèmes de biologie moléculaire appliqués à des systèmes vivants seront abordés: transcription, réplication, réparation et recombinaison de l'ADN. Structure des gènes. Régulation de l'expression génétique. Protéines transformantes et cancer. Manipulations génétiques. Biologie moléculaire du développement. Différenciation. Mutagénèse. Maladies et thérapies génétiques.
  • MBA6010Normes de bonnes pratiques dans les bio-industries (1 cr.)
    • Introduction aux bonnes pratiques de fabrication, de même que la description des locaux, de l'équipement et du personnel requis ainsi que les mesures essentielles d'hygiène. Les implications des services de l'assurance qualité et du contrôle de la qualité dans la fabrication. Généralités et particularités applicables aux industries pharmaceutiques, biologiques, de produits diagnostiques, cosmétiques, alimentaires et sanitaires.
  • MBA6021Microbiologie industrielle avancée (4 cr.)
    • Discussion critique de sujets choisis en microbiologie environnementale, en microbiologie des streptomycètes et d'autres sujets de pointe se rapportant à la microbiologie industrielle. Les aspects de biologie moléculaire, de génie des protéines, de fermentation, de réglementation et des méthodes analytiques connexes seront étudiés. Apprentissage par problèmes.
  • MBA6023Génétique des microorganismes d'importance industrielle (1 cr.)
    • Rappel des notions de base en génie génétique. Développement des techniques de clonage et de transfert de gènes chez certains micro-organismes d'importance industrielle en rapport avec leur génétique respective. Les levures, les streptomycètes, les pseudomonades et le genre bacillus seront examinés plus spécifiquement.
  • MBA6024Biosynthèse de produits naturels (2 cr.)
    • Les cellules des organismes vivants (bactéries, champignons, plantes, lichens, insectes et animaux supérieurs) sont des sites de synthèse complexe d'un grand nombre de composés organiques, dont plusieurs ont une activité biologique importante. L'étude de la biosynthèse de produits naturels fait appel à la chimie bioorganique, une discipline nouvelle née de la chimie, de la microbiologie et de la biochimie des produits naturels. Le cours donnera des notions de base sur les mécanismes de quelques réactions biologiques prédominantes.
  • MBA6025Microbiologie des denrées alimentaires (2 cr.)
    • Bref historique. Revue des paramètres des denrées alimentaires affectant la multiplication microbienne. Étude de la flore normale et des microbes pathogènes. Étude du phénomène de la putréfaction et les critères de qualité. Méthodes officielles ou suggérées d'analyse microbiennes. Normes microbiennes. Maladies alimentaires dues aux microbes, symptômes et voies de dissémination. Étude de différents traitements visant à améliorer la conservation des denrées alimentaires.
  • MBA6026Technologie des fermentations (2 cr.)
    • Introduction. «Design» de bioréacteurs. Milieux de culture utilisés pour les fermentations. Stérilisation des milieux de culture. Stérilisation de l'air. Aération et agitation. Fermentations en lots, par addition intermittente de substrat ainsi qu'en continu. Cinétique de la croissance. Récupération des produits de fermentation. Systèmes de contrôle des variables environnementales.
  • MBA6027Microbiologie de l'environnement (1 cr.)
    • Applications de la microbiologie pour le traitement des sols et des effluents pollués. Ce cours traitera des techniques de bioremédiation sous l'angle plus spécifique de leurs aspects microbiologiques. Les aspects de biologie moléculaire, de fermentation, d'engineering, des normes environnementales et des techniques d'analyses seront développées. Études de cas. Leçons.

Note

Ce programme d’études comporte quatre-vingt-dix crédits et est rangé dans la classe B pour les fins d'inscription et de paiement des frais de scolarité.